วัดอรัญญิกปรากฏอยู่ในสมัยกรุงสุโขทัยในรัชสมัยพ่อขุนรามคำแหงมหาราช กษัตริย์องค์ที่ 3 แห่งกรุงสุโขทัย พระผู้ทรงศาสนูปถัมภก ทรงสร้างวัดขึ้นในราชอาณาจักรมากมาย จากกรุงสุโขทัยขยายไปหัวเมืองต่างๆ ทรงแบ่งเป็นวัดในพระราชวังหรือในเมือง สำหรับพระในเมือง เรียกว่า"พระเมือง"(หรือพระคามวาสี) และพระนอกเมืองที่มุ่งปฏิบัติธรรมวิปัสสนาธุระ เรียกว่า"พระป่า"(หรือพระอรัญวาสี) พระคามวาสีจึงมักปฏิบัติศาสนกิจในวัดมหาธาตุเมืองต่างๆ ส่วนพระอรัญวาสีมักปฏิบัติศาสนกิจในวัดอรัญญิก(หรืออรัญญิกาวาส)

หลังจากพ่อขุนรามคำแหงมหาราชทรงสร้างวัดมหาธาตุ กรุงสุโขทัย และอรัญญิกาวาส วัดสวนมะม่วง จึงได้เสด็จสร้างวัดมหาธาตุ เมืองพิษณุโลก ซึ่งภายหลังมีชื่อว่า วัดพระศรีรัตนมหาธาตุวรมหาวิหาร และบูรณะวัดป่าแก้วให้สง่างามเป็นวัดอรัญวาสีชื่อ วัดอรัญญิก สืบมาจนปัจจุบัน ทรงสร้างเจดีย์ประธาน ตามลักษณะศิลปะสุโขทัยทรงลังกาหรือทรงระฆัง จากการขุดพบฐานเจดีย์เป็นช้างล้อม 4 ด้าน ด้านละ 16 เชือก มุมฐานเจดีย์อีก 4 เชือก รวมมีช้างล้อม 68 เชือก (รูปรอยเจดีย์องค์เดิมก่อนการบูรณะในยุคหลัง องค์เจดีย์มีรอยซุ้มพระยืน 8 ซุ้ม) ตามคำบอกเล่า จึงแน่ชัดว่า เจดีย์ประธาน นอกจากเป็นเจดีย์ช้างล้อม 68 เชือกแล้ว ยังมีพระยืนล้อมอีก 8 องค์ ที่หันพระพักตร์ออก 8 ทิศ อยู่ใต้องค์ระฆังเจดีย์ประธานด้วย

เหตุที่สร้างเจดีย์ประธานในวัดอรัญญิกเป็นทรงลังกา สืบเนื่องจาก ก่อนรัชสมัยพ่อขุนรามคำแหงมหาราช มีการทำสงครามหลายครั้ง ทำให้การทำนุบำรุงพระพุทธศาสนาหย่อนยาน เป็นเหตุให้พระสงฆ์ในสยามประเทศไม่แตกฉานในพระไตรปิฎก พ่อขุนรามคำแหงมหาราชจึงทรงอาราธนาพระสงฆ์“สังกาวงศ์”จากนครศรีธรรมราชมาจำพรรษา ณ วัดอรัญญิก นำโดยพระมหาสวามีสังฆราชและให้มีเจ้าคณะอรัญวาสี ชื่อ พระบรมครูติโลกดิลกติรัตน์ มาปฏิบัติศาสนกิจ เหตุนี้จึงทรงสร้างเจดีย์ประธานเป็นศิลปะสุโขทัยทรงลังกาตามแบบพุทธเจดีย์แห่งพระเจ้าทุฏฐคามีนีในลังกาทวีป พ่อขุนรามคำแหงมหาราชได้ทรงเสด็จบำเพ็ญพระราชกุศล ณ วัดอรัญญิกนอกเมืองทั้งในกรุงสุโขทัยและหัวเมืองตามที่ปรากฏในประชุมศิลาจารึก ภาค 1 หน้า 9-10 ว่า “วันเดือนดับ เดือนเพ็ญ... แต่งช้างเผือก... ชื่อรุจาศรี พ่อขุนรามคำแหงขึ้นขี่ไปนบพระ... อรัญญิกแล้วเข้ามา”

สันนิษฐานว่า มีการบูรณปฏิสังขรณ์ครั้งใหญ่เมื่อคราวสมเด็จพระนเรศวรมหาราชดำรงพระยศมหาอุปราช (กรุงศรีอยุธยาใช้เมืองพิษณุโลกเป็นฐานในการกอบกู้เอกราชก่อนปี พ.ศ.2127) และสมเด็จพระนารายณ์มหาราชทรงบูรณะอีกครั้งในราวปี พ.ศ.2199-2231 เมื่อคราวใช้เมืองพิษณุโลกเป็นฐานในการทำสงครามกับเชียงใหม่ในราวปี พ.ศ.2318

หลังเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 อะแซหวุ่นกี้แม่ทัพพม่ายกทัพเข้าล้อมเมืองพิษณุโลกและเผาวัดทุกแห่งในเมืองพิษณุโลกเพื่อไม่ให้เป็นที่หลบซ่อนของทหารและชาวบ้าน รวมทั้งวัดอรัญญิกก็ถูกเผาด้วย ยกเว้นวัดพระศรีรัตนมหาธาตุวรวิหารเท่านั้นที่ไม่ถูกเผา วัดอรัญญิกได้เสื่อมโทรมและชำรุดทรุดโทรม มีการขุดหาวัตถุมงคลและของมีค่าจนศาสนสถานทุกชิ้นเสียหายยับเยิน แม้องค์เจดีย์ประธานก็เหลือเพียงยอดด้วนและฐานจมดิน จนกลับเข้าสู่สภาพป่ารก

ก่อนปี พ.ศ.2500 มีคณะแม่ชีนำโดยแม่ชีพวง ซึ่งเป็นคนพื้นที่บ้านอรัญญิก เริ่มเข้ามาปรับปรุงบริเวณวัดอรัญญิก แต่ยังขาดปัจจัยหลายด้านในการบูรณปฏิสังขรณ์ ต่อมาราวปี พ.ศ.2512 พระครูสมุห์แจ่ม สุธมฺโม (ราชทินนาม“พรวรญาณมุนี”ในปัจจุบัน พุทธศาสนิกชนนมัสการพระคุณท่านในนามพระเกจิอาจารย์เจ้าคุณ“หลวงตาละมัย”) ได้นำคณะศรัทธาสร้างและบูรณะวัตถุสถานหลายอย่างดังนี้ เจดีย์ประธาน อุโบสถ วิหาร เจดีย์ราย วิหารคด และยังรักษา“ประเพณีทอดผ้าป่าสงกรานต์ย่ำค่ำ”อีกด้วย

ระหว่างที่เดินสำรวจซากปรักหักพังของวัดอรัญญิกอยู่เพียงลำพัง ทีมงานลองนึกดูเล่นๆว่า ถ้าพม่าไม่เผาวัดในเมืองพิษณุโลกในตอนนั้น แม้ผ่านวันเวลามานับร้อยปีและเกิดความทรุดโทรมไปตามสภาพ เราก็น่าจะเห็นความสวยงามของวัดมากกว่านี้แน่นอน
บน – จากทางเข้าหน้าวัด เมื่อเดินเข้ามา ซ้ายมือจะพบอุโบสถ ส่วนทางขวาคือ เจดีย์ประธาน

เราไปดูส่วนต่างๆของวัดกันเลย เริ่มจากเจดีย์ประธาน วิหาร แล้วตามด้วยอุโบสถ
ซ้ายบน – “เจดีย์ประธาน”สูงโดดเด่นกว่าใคร (จากภาพ เจดีย์ประธานเป็นเจดีย์ทรงลังกาหรือทรงระฆังแบบศิลปะสุโขทัย ฐานชั้นที่ 1 ก่อด้วยศิลาแลงขนาด 24.80 X 24.80 เมตร ตัวฐานลึกลงดินราว 1.30 เมตร และโผล่พ้นดินขึ้นมาจากฐานเจดีย์ราว 50 เซนติเมตร ศิลาแลงที่ใช้ก่อมีขนาด 13 X 15 x 40 เซนติเมตร (และพบว่า มีการก่อฐานเป็นแนวอิฐรอบฐานเจดีย์ชั้นที่มีช้างล้อมอยู่ราว 30 เซนติเมตร) ลักษณะองค์ระฆังพังทลายไปครึ่งหนึ่ง (จึงพบว่า ภายในกลวงและเป็นห้องกรุ) โดยก่อซ้อนกันสองชั้น ซึ่งอาจมีการบูรณะในสมัยกรุงศรีอยุธยา ส่วนบัลลังก์มีการย่อมุม ขณะนี้เหลือเพียงบางส่วน แต่โครงสร้างยังแสดงถึงศิลปะสุโขทัย ภายหลังมีอิทธิพลของศิลปะจากสุพรรณบุรีเข้ามาด้วย ฐานชั้นที่ 2 มีขนาด 16.40 X 16.40 เมตร สูง 1.50 เมตร ก่อด้วยศิลาแลงขนาด 20 x 29 x 50 เซนติเมตร และอิฐขนาด 5.5 X 15 X 12 เซนติเมตร และขนาด 4 X 5 X 30 เซนติเมตร และฐานชั้นที่ 2 นี้เป็นฐานของช้างล้อมด้วย ฐานชั้นที่ 3 เป็นรูปทรงสี่เหลี่ยม ก่อด้วยศิลาแลงและอิฐ ส่วนล่างเป็นศิลาแลงขนาด 53 X 26 X 16 เซนติเมตร อิฐมีขนาด 5 X 15 X 12 เซนติเมตร และขนาด 7 X 16 X 30 เซนติเมตร จุดนี้แสดงให้เห็นถึงการก่ออิฐเสริมในภายหลัง เนื่องจากด้านทิศเหนือยังมีรอยปูนฉาบอยู่ ฐานชั้นที่ 4 และฐานชั้นที่ 5 เป็นฐานรูปทรงวงกลม ก่อด้วยอิฐขนาด 5 X 15.50 X 30 เซนติเมตรลดหลั่นกัน และยังเหลือแนวอิฐที่ก่อโค้งเป็นรูปวงกลมอยู่บางส่วน (ตรงส่วนที่มีการลักลอบขุด จะเห็นเป็นห้องกรุอยู่ด้านใน) ลักษณะก่ออิฐโดยรอบ อัดดินด้านใน และปูอิฐทับอีกหนึ่งชั้น ด้านเหนือขึ้นไปเป็นแกนอิฐรูปแปดแฉกเพื่อรองรับบัวถลา บัวปากระฆัง และองค์ระฆัง
ขวาบน – เจดีย์ประธานในมุมใกล้
ซ้ายกลางบน - ลำตัวของช้างบนฐานเจดีย์ชั้นที่สองที่ยังสมบูรณ์อยู่ แต่ตอนนี้เหลือเพียงสองเชือก โดยช้างในมุมอื่นถูกทำลายจากการลักลอบขุดเป็นส่วนใหญ่ มีการสันนิษฐานว่า แต่ละด้านของเจดีย์น่าจะมีช้าง 16 เชือก รวมทั้งมุมอีก 4 ด้าน รวมเป็น 68 เชือก คล้ายกับวัดช้างล้อมที่จังหวัดสุโขทัยและวัดช้างรอบที่จังหวัดกำแพงเพชร (จากภาพ ฐานล่างของตัวช้างปูอิฐขนาด 17.40 X 17.40 เมตร สูง 25 เซนติเมตรเพื่อรองรับเท้าช้าง มีการเจาะช่องเหนือระดับฐานขึ้นไป 3 ช่อง และสลับกับแนวที่เจาะเพียง 1 ช่อง โดยช่องมีขนาด 10 X 109 เซนติเมตร ซึ่งเป็นแนวสำหรับใส่อิฐเข้าไปเพื่อยึดตัวช้าง ก่อนจะมีการฉาบปูน ส่วนช่องศิลาแลง 1 ช่องน่าจะเป็นส่วนที่เป็นเสาก่ออิฐฉาบปูน เพื่อเป็นตัวแบ่งระหว่างแนวช้างแต่ละเชือก ส่วนเท้าช้างก่อด้วยอิฐรูปครึ่งวงกลมขนาด 15 – 20 เซนติเมตร เมื่อฉาบปูนที่เท้าช้างแล้ว มีการขูดเป็นส่วนแบ่งนิ้วเท้า 4 ส่วน แนวเท้าช้างห่างกัน 10 เซนติเมตร)
ซ้ายกลางล่าง – ลานวิหาร (จากภาพ สันนิษฐานว่า วิหารด้านทิศตะวันออกของเจดีย์ประธานสร้างราวปี พ.ศ.1904 ในรัชสมัยพญาลิไทยแห่งกรุงสุโขทัย ครั้งเสด็จมาทรงประกอบพิธีหล่อพระพุทธชินราช)
ขวากลาง – เจดีย์รายและระเบียงคต (จากภาพ สันนิษฐานว่า สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถทรงสร้างระเบียงคตล้อมรอบ 4 ด้านของเจดีย์ประธาน คราวสถาปนาเมืองพิษณุโลกเป็นราชธานีของไทย ราวปี พ.ศ.2007)
- ได้เวลาเดินไปอุโบสถบ้าง
ซ้ายล่าง – อุโบสถ (จากภาพ อุโบสถตั้งอยู่ทางทิศตะวันตกของเจดีย์ประธานและระเบียงคด มีขนาด 26.20 x 12 เมตร โครงสร้างหลังคาเครื่องไม้มุงกระเบื้องดินเผาแบบแผ่นเรียบ ลักษณะการเรียงอิฐเป็นแบบด้านยาวสลับด้านสั้น ส่วนฐานล่างมีศิลาแลงประกอบอยู่บางส่วนและพบว่า มีการสร้างซ้อนทับกันอย่างน้อยสองครั้งที่ส่วนฐานและฐานชุกชี ซึ่งแบบเดิมเป็นลักษณะที่พบในกลุ่มโบราณสถานสมัยสุโขทัยและมีการขยายฐานออกเมื่ออยุธยาเข้ามามีอำนาจเหนือหัวเมืองฝ่ายเหนือ ดังนั้นอาคารเดิมจึงเป็นอาคารที่ร่วมสมัยกับเจดีย์วัดช้างล้อม ภายหลังจึงมีการปรับให้เป็นอุโบสถในสมัยอยุธยา น่าจะพร้อมๆกับการสร้างระเบียงคตเพิ่ม ผนังหน้าของอุโบสถมีขนาด 30 เซนติเมตร มีเสาติดผนังขนาด 55 x 55 เซนติเมตร ส่วนเสาคู่ในเป็นเสากลมแถวละ 5 ต้น ก่อด้วยศิลาแลงฉาบปูนขนาด 80 x 80 เซนติเมตร อยู่ด้านข้างของฐานชุกชีบางส่วน ด้านหน้าฐานพระเป็นเสาก่ออิฐขนาด 40x 60 เซนติเมตร ฐานชุกชีมีขนาด 3.93 เมตร สูง 1.08 เมตร ยกเก็จเพิ่มมุมทั้ง 4 ด้าน ลักษณะเป็นฐานหน้ากระดาน 2 ชั้นรองรับบัวคว่ำท้องไม้และลูกฟัก มีร่องรอยการฉาบปูนเหลืออยู่และมีการก่อแนวขยายฐานออกไป พื้นโบสถ์ปูด้วยหินทราย (ใต้พื้นลงไปพบว่า เดิมเป็นอาคารขนาด 7x 15x30 เซนติเมตร) ฐานเสมาอยู่ห่างจากโบสถ์ประมาณ 1.80-2.30 เมตร เหลือแนวฐานก่ออิฐรูปสี่เหลี่ยมขนาด 1.20 x 1.20 เมตร)
ขวาล่าง – “ลานบนอุโบสถ” บนลานอุโบสถจะพบพระพุทธรูปวางเรียงรายทั้งซ้ายและขวา  (จากภาพ มีการค้นพบพระพุทธรูปที่สำคัญดังนี้ 1.พระพุทธรูปหินทรายประทับนั่งปางมารวิชัย หน้าตักกว้าง 77 เซนติเมตร หนา 40 เซนติเมตร สูง 99 เซนติเมตร พระเนตรเหลือบต่ำลง พระขนงโก่ง พระนาสิกโด่งเป็นสัน พระโอษฐ์สองชั้น ครองจีวรห่มแยง ชายสังฆาฏิจดพระนาภี ส่วนปลายเป็นแบบเขี้ยวตะขาบ เม็ดพระศกเล็ก รัศมีเป็นเปลวเพลิงทรงกรวยสามเหลี่ยม องค์พระแกะสลักจากหินทรายเป็นชิ้นต่อกัน พระพาหาและพระกรรณด้านขวาหายไป เป็นศิลปะสุโขทัยตอนปลาย-อยุธยาตอนต้น พุทธศตวรรษที่ 10-21 คล้ายกับพระพุทธรูปปูนปั้นนาคปรกในซุ้มจระนำเจดีย์ราย วัดเจดีย์เจ็ดแถวเมืองศรีสัจชนาลัย 2.พระพุทธรูปหินทรายปางมารวิชัย ขนาดหน้าตัก 88 เซนติเมตร สูง 109 คล้ายพระพุทธลักษณะขององค์แรก แต่มีขนาดใหญ่กว่า พระพาหาขวาและพระกรรณหัก)